1般常說的密教基本本尊，雖然以大日如來和不動明王為根本本尊，但依個人歷世因緣的不同，各有其法界諸尊的因緣的諸佛菩薩做為指導者。這裡所要說的是諸佛菩薩所共同的現象，稱為「真言、印相、3昧耶」等的，有形與無形的2種本尊。

大日經本尊3昧品所說，「真言字、印相、3昧耶形」的3本尊，每1本尊又各立為2種。真言字分別有2種:

 

1是觀字義，例如〝阿〞字是菩提心，故即向阿字觀自性清淨的菩提心。

 

2是唱阿字的聲音，所唱之聲如金剛鈴鐸等不絕，又以此聲調出入之息。

 

而印、形的2種又分別為有形與無形的2種:

 

1是有形，即形形色色的青黃赤白等顏色，方形、圓形、3角形等形體，以及身體手腳的屈伸，或坐立或所住之處，例如行住坐臥等生活之類。

 

印是指諸尊手中所執的器物，名為3昧耶印，即金剛刀、輪、罥索、金剛杵之類。對於初發心的人，先於心外觀諸彩畫諸尊等，故名為有形。

 

2是無形，修學日久之後漸漸純熟，又以諸尊加持力故，自然而顯現，與自心相應，以爾時此本尊但現於心，於心外無緣，故名無形。

 

1般凡夫或初得世3昧的人，能見其本尊如是形，如是色，如是住處，如是坐立，如是曼荼羅之中，手持如是印等，尚是屬於有相，故名有形。

 

之後更進而學習旋轉真言，宛然直見本尊，有如於明鏡顯像等，不可思議而顯現本尊，故名為無形。

 

本尊形體有2種:1為不清淨，密教行者最初因有相而引入無相，先觀圓明的佛菩薩印身，其最初並不得見，因此畫像等而觀之，等到漸漸修持則法力有所增加，漸漸獲得清晰明了，然而尚有所障礙。如果閉目則能見之，若張開眼睛則不能見之，又更加強修持，於是漸次無論是開目閉目，自然而見之，乃至於和諸尊碰觸，自身與本尊相撞而過，亦無有妨礙。例如日光遍照世人，而世人並不受其日光所阻礙那樣的自然。

 

密教依此有形有相之法，漸漸引導行者入於清淨之處。因為以有相之故，名為不淨。這是由3摩泗多(定的別名)等所接引，故能入住於清淨處，成就寂然無相得至最高佛果，名為清淨。

 

淨本即是果，而不淨即是因，不淨是指形形色色的印相之類，依此不淨而引發生淨，由無常之因而至於常果。

 

秘藏記:「我本來自性清淨心，於世間出世間最勝最尊，故曰本尊。又已成佛本來自性清淨理，於世間出世間最勝尊，故曰本尊。」